Muchos lagos alrededor del mundo están entrado en nuevos estados y experimentando alteraciones en el ciclo biogeoquímico debido a factores de estrés antropogénicos locales. En los trópicos, puede ser difícil comprender los factores que impulsan estos cambios debido a la falta de condiciones históricas documentadas o a la ausencia de un monitoreo continuo que pueda distinguir entre la variación intra e inter-anual. En los últimos cuarenta años (1980-2020), el Lago de Yojoa (Honduras) ha experimentado un mayor desarrollo de la cuenca hidrográfica, así como la introducción de una gran cantidad de granjas de tilapia en jaulas, esto ha provocado una drástica reducción de la claridad estacional del agua, un aumento del estado trófico y una alteración de la dinámica de los nutrientes, lo que ha hecho que el Lago de Yojoa pase de ser un ecosistema oligotrófico (de baja productividad) a uno mesotrófico (de productividad moderada). Para evaluar los cambios que se han producido en el Lago de Yojoa, así como los posibles impulsores de estos, se comparó la profundidad Secchi (claridad del agua), el nitrógeno inorgánico disuelto (DIN) y las concentraciones de fósforo total (TP). Esto se hizo con intervalos semi mensuales continuos para los tres años entre 1979-1983 y de nuevo a intervalos continuos de 16 días para 2018-2020. Entre esos dos periodos se observó la pérdida de una fase de agua clara que antes se producía en los meses en los que la columna de agua estaba totalmente mezclada. Los picos estacionales de DIN coinciden con la mezcla, lo que sugiere una mayor acumulación de amonio en el hipolimnion (la capa inferior de un lago estratificado) durante la estratificación, y la liberación al epilimnion (la capa superior de un lago estratificado) con la mezcla se mantiene una alta abundancia de algas y, posteriormente, una baja profundidad Secchi durante lo que antes era la fase de agua clara. Esta interacción de la carga de nutrientes y el régimen de estratificación monomíctica del Lago de Yojoa ilustra un fenómeno importante en la forma en que la estructura física de la columna de agua y los nutrientes interactúan en los lagos monomícticos tropicales. Este trabajo demuestra la necesidad de considerar la dinámica de los nutrientes en los hipolimnios anóxicos cálidos, y no sólo las concentraciones de nutrientes en el agua superficial, para entender el cambio ambiental en estos ecosistemas que son socialmente importantes, pero poco estudiados.