Tuttavia, il cloro può reagire con il materiale organico disciolto e produrre alcune sostanze chimiche tossiche come il triclorometano (cloroformio) che possono essere collegate a rischi per la salute umana. Inoltre, contro microrganismi parassiti, quali Cryptosporidium e Giardia, la clorazione al dosaggio massimo consentito risulta inefficace.
Il vantaggio principale della disinfezione attraverso raggi UV (Fig. 3) è sicuramente quella di non utilizzare sostanze chimiche come il cloro né di lasciare prodotti nocivi. Alcuni sistemi UV non richiedono l’impiego di personale specializzato, avendo manutenzione ridotta: basta cambiare la lampadina UV ogni anno.